O Neuropsicopedagogo Clínico, na sua formação, habilita-se para avaliar crianças e adolescentes com queixa escolar, apontando suas habilidades, competências e dificuldades. Faz a intervenção nas áreas relacionadas à aprendizagem e encaminha a outros profissionais casos que não façam parte de sua atuação profissional.
Quanto as intervenções do neuropsicopedagogo clínico, vale destacar que a sua avaliação deve ter por objetivo principal identificar no aprendente o seu desenvolvimento e a aprendizagem em relação a atenção e as funções executivas de expressão do comportamento, o aspecto da linguagem, a compreensão leitora, a memória …

Na avaliação neuropsicopedagógica clínica, por exemplo, pode aplicar testes e escalas padronizadas para a população brasileira em relação a aprendizagem adquirida, utilizar a observação clínica, lúdica e do material escolar para a elaboração da hipótese diagnóstica.
O contato com a escola, com a família, com os demais membros que residem com o sujeito aprendente, com os demais profissionais que atuam no caso, torna-se relevante para a compreensão do quadro e do projeto de intervenção que melhor poderá se adequar em cada caso específico na demanda apresentada.
Portanto, vale pontuar que as especificidades da sua atuação, seja no campo institucional ou no campo clínico, não perdem de vista a sua objetividade principal do saber-fazer, principalmente em se tratando da avaliação inicial, o neuropsicopedagogo deve elaborar as hipóteses diagnósticas centradas no próprio sujeito nos aspectos orgânicos e afetivo-cognitivos, nos aspectos psicológicos onde deverá encaminhá-lo a um psicólogo com relatório especificando a situação encontrada, nos aspectos familiares, em como aprendeu a aprender nos vínculos com a construção do conhecimento. Na escola, a avaliação poderá estar centrada na relação professor/aluno, da inadequação metodológica e na didática do ensino e da sua instrumentalização, ainda que consideremos ser mais difícil a análise porque o
professor/ensinante está em atividade com muitos alunos.
Assim, pode-se afirmar que as intervenções neuropsicopedagógicas devem prestar a assessoria desenvolvendo um trabalho com o intuito de criar possibilidades para que a aprendizagem ocorra satisfatoriamente e desenvolver intervenções com o objetivo de detectar e estimular áreas que estão comprometendo o processo de aprender.
Para tanto, a intervenção inicial deve possuir um caráter preventivo e, em seguida ser reeducativa e desenvolvido em clínicas ou consultórios psicológicos para a identificação dos motivos que provocam os problemas de aprendizagem como o déficit intelectual, as incapacidades físicas ou sensoriais, as inadaptações grupais, a imaturidade psicomotora, a ausência dos pré-requisitos básicos para a alfabetização, métodos de ensino inadequados, fatores emocionais, dislexias entre outros, possibilitando a intervenção com o intuito de solucionar os problemas de aprendizagem tendo como eixo norteador o aluno, assim como de buscar a realização de um diagnóstico e intervenção psicopedagógica, utilizando métodos, instrumentos e técnicas próprias da psicopedagogia institucional.